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A manipulação de medicamentos consiste na ação de manufaturar, de forma individualizada, um medicamento conforme prescrição médica ou literatura oficial.

As farmácias são os locais autorizados para realizar a manipulação de medicamentos, e devem contar com uma estrutura altamente especializada para essa função, tendo em vista que não se trata de uma atribuição simples, exigindo diversas operações farmacotécnicas diferentes.

Hoje em dia, procura-se muito essa alternativa pelo baixo custo que ela oferece em relação aos outros remédios, já que a manipulação é feita de forma artesanal e em menor escala, enquanto os medicamentos industrializados são feitos em larga escala de produção.

A busca pela melhoria da qualidade de produtos manipulados,que só vêm crescendo no Brasil nos últimos anos, vem sendo perseguida pelas farmácias não apenas como um diferencial, mas também pela reconquista de sua credibilidade frente aos produtos industrializados.